ChromiumSingle Cell 3’

ChromiumSingle Cell 3’

Single cell 내 mRNA의 3’ region에 10만 개 이상의 10x barcode를 부여하여,
transcripts에 대한 RNA sequencing을 진행합니다.
최대 80,000 cells에 대한 transcripts 분석을 한 번에 진행할 수 있으며,
생성된 data를 사용하여 transcripts profiling, transcripts expression level 분석을 진행할 수 있습니다.

Features

  • 1 Chromium run으로 100~80,000 cells의 처리를 10분 이내에 완료
  • Cell resuspension ~ NGS library 준비까지 하루에 진행 가능
  • Cell capture rate : ~65% (기기에 사용한 cell 수 기준)
  • Doublet rate이 낮음 (1,000cell capture 시 0.9%)

Analysis software

  • CellRanger : Chromium Single cell data 분석을 위한 total pipeline
  • Loupe Cell Browser : 분석이 완료된 data의 visualization tool

Analysis workflows